Virus volage

Plusieurs variants du SRAS-CoV-2 (coronavirus) sont actuellement observés dans le monde, créant partout une panique élevée. L’Institut allemand Robert Koch (RKI), responsable du contrôle et de la lutte contre les maladies, indique les caractéristiques de ces mutants qui font tant peur.

L'émergence de nouveaux variants du SRAS-CoV-2 constitue une menace sérieuse pour le système de santé publique et le programme de vaccination. Parmi eux, il y a ce que les experts appellent les variants préoccupants (« Variants of Concern », VOC). Selon RKI, ces VOC diffèrent de manière significative des classiques par leurs propriétés pathogènes, telles que la transmissibilité, la virulence ou même leur susceptibilité devant une réponse immunitaire des personnes guéries ou vaccinées.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) recense actuellement les VOC suivants, dont certains se propagent dans le monde entier avec un grand dynamisme inquiétant :

1) Le premier s’appelle Alpha (B.1.1.7). Signalée en décembre 2020 par les autorités britanniques, cette souche a été détectée pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020. Selon RKI, elle est plus facilement transmissible d'une personne à l'autre que les précédentes. Alpha a aussi un taux de reproduction plus élevé, ce qui le rend plus difficile à contenir. Il est prouvé qu'il est associé à une augmentation de la mortalité par cas dans tous les groupes d'âge. « À ce jour, rien ne prouve que l'efficacité des vaccins soit sensiblement réduite », assure l’Institut. Il présente une mutation supplémentaire dans la protéine S (E484K), qui se retrouve également dans d’autres variants comme le B.1.351 (bêta) et le P.1 (gamma), ce qui rend le virus moins sensible aux anticorps neutralisants déjà formés. C’est pour cela qu’on pense que les vaccins actuellement disponibles auraient « une faible efficacité » contre ce variant.

2) Le Delta (B.1.617.2), découvert pour la première fois en Inde en octobre 2020, se répand actuellement comme feu de paille dans de nombreux pays. Il se caractérise par des mutations associées à une « efficacité réduite de la réponse immunitaire susceptible d’augmenter la transmissibilité du virus », explique RKI. Ce qui pourrait augmenter. Les résultats préliminaires obtenus au Royaume-Uni indiquent une plus grande transmissibilité du Delta par rapport à l’Alpha. Les vaccinations actuelles offriraient une meilleure protection contre l'infection par l’alpha que par le delta. Le fait d’être vacciné protégerait contre les maladies et les formes graves d'infection. Mais dans le cas d’une vaccination incomplète (une dose au lieu de deux), il a été constaté une efficacité significativement réduite contre le delta. Dans tous les cas de figure, il vaut mieux être vacciné que de ne pas l’être.

3) Quant au Bêta (B.1.351), détecté pour la première fois en Afrique du Sud, il a été signalé en décembre 2020. Plusieurs études indiquent également que les personnes ayant été infectées par la souche originale ou ayant reçu un vaccin basé sur cette dernière sont moins bien protégées contre l'infection par ce virus muté. La raison est que les anticorps neutralisants produits par le système immunitaire sont moins efficaces contre le virus modifié. Les scientifiques sont en train de discuter à propos de sa transmissibilité élevée.

4) Le Gamma (P.1), lui, dérive de la lignée du B.1.1.28. Détecté pour la première fois dans l'État brésilien de l'Amazonie, ce variant est similaire dans ses modifications au mutant sud-africain. Il présente des mutations comme E484K (1) qui sont aussi présentes dans le Bêta. Les données expérimentales indiquent qu’avec ce variant, les anticorps neutralisants chez les personnes guéries ou vaccinées perdent en efficacité. On suppose que le Gamma est encore plus transmissible.

Delta prend largement l’ascendant

Depuis fin juin 2021, Delta est le variant dominant du virus du SRAS-CoV-2 en Allemagne, avec entre-temps un taux de 74%, indique le RKI dans une communication datée du 14 juillet 2021. Selon l’OMS, il a maintenant été détecté dans 124 territoires dans le monde. Delta est en passe de devenir dominant au niveau mondial dans les mois à venir, l'OMS prévoyant qu'il pourrait y avoir plus de 200 millions de cas confirmés d'ici quelques semaines. Sa propagation depuis mars 2020 a entre-temps dépassé celle d’Alpha qui s'était auparavant répandu rapidement en Europe au cours des premiers mois de 2021. Le taux de présence d’Alpha (B.1.1.7) n'est plus que de 22 %, c'est-à-dire qu’il est actuellement détecté dans un échantillon sur cinq.

Que comptent faire les scientifiques face à ce nouveau défi ? À partir des enquêtes actuelles et des informations provenant des différentes sources de données, les responsables du RKI par exemple ont déduit deux tâches essentielles. Il est important, selon cet établissement, d'étudier en détail la propagation des variants et d'utiliser la gamme de méthodes disponibles à cette fin, notamment le séquençage du génome entier, afin de détecter d'autres éléments inconnus jusqu'à présent, nouvellement apparus ou introduits.

Le RKI recommande d’enquêter auprès des laboratoires afin de rechercher spécifiquement les mutations et variants connus et de déterminer leur occurrence. Pour une évaluation ultérieure, des enquêtes ad hoc devraient être prévues. En outre, il suggère de développer et d’utiliser des procédures de diagnostic, tels que les tests de mutation ponctuelle, ce qui constitue des éléments importants pour le suivi et la détection rapide des variants du coronavirus. Leur utilisation peut, par exemple, aider, dans le cas d'épidémies complexes, à tester les COV afin d'appliquer rapidement les mesures adéquates. Les scientifiques ont du pain sur la planche avec ce virus si changeant et fantasque.

Huguette Hérard

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